Inštitut je bil osnovan leta 1947 kot Sekcija za občo in narodno zgodovino v okviru Inštituta za zgodovino, katerega upravnik je bil dr. Milko Kos. Leta 1972 je predsedstvo SAZU sprejelo sklep, da sekcija postane samostojen inštitut z imenom Inštitut za občo in narodno zgodovino. Leta 1977 je bil preimenovan v Zgodovinski inštitut Milka Kosa.

Inštitut se ukvarja z raziskovanjem slovenske zgodovine od njenih začetkov do konca prve svetovne vojne. Nadaljuje z raziskovalnim delom zastavljenega programa Slovenske akademije znanosti in umetnosti, ki poteka v štirih sklopih in ga raziskovalci izvajajo v programsko projektni obliki:

• objava virov za slovensko zgodovino,
• topografija in kolonizacija slovenskega ozemlja,
• gospodarska in družbena zgodovina Slovencev,
• problemi slovenske zgodovine 19. in prvih desetletij 20. stoletja.