Andrej Rahten se pri svojem raziskovalnem delu najbolj posveča pisanju političnih biografij. Že njegova doktorska disertacija, posvečena dolgoletnemu voditelju koroških Slovencev dr. Janku Brejcu, je napovedala, da bo njegov glavni interes prav biografika. Sledile so namreč številne biografske raziskave, tako v obliki znanstvenih člankov kot tudi monografij. Na biografsko področje segajo tudi njegove znanstvenokritične študije spominih slovenskih politikov in diplomatov.
Rahten velja tudi za specialista za diplomatsko zgodovino, kar se v formalnem smislu kaže v njegovem skoraj dvajsetletnem vodenju Koordinacijskega odbora za raziskovanje diplomatske zgodovine, ki bedi nad zbirko Studia diplomatica Slovenica.
V zadnjih letih se Rahten intenzivno usmerja v prevode svojih del, pri čemer so bile njegove knjige in razprave objavljene doslej v naslednjih tujih jezikih: nemščini, angleščini, francoščini, hrvaščini, madžarščini in ruščini. Trenutno poteka prevajanje njegovega standardnega dela o Antonu Korošcu v srbščino.

    • Tischler: življenjska pot vodilnega politika in šolnika koroških Slovencev. Celovec: Mohorjeva družba, 2025.
   • V prah strti prestol: slovensko dojemanje habsburške dinastije v postimperialni dobi. Celje; Ljubljana: Celjska Mohorjeva družba: Društvo Mohorjeva družba, 2023.
   • Anton Korošec: slovenski državnik kraljeve Jugoslavije. Ljubljana: Cankarjeva založba, 2022.
   • Po razpadu skupne države : slovensko-avstrijska razhajanja od mariborskega prevrata do koroškega plebiscita. Celje: Celjska Mohorjeva družba: Društvo Mohorjeva družba; Celovec: Mohorjeva družba; Gorica: Goriška Mohorjeva družba, 2020. 
   • Med Kakanijo in Wilsonio : poklicne in politične preizkušnje Hansa Schwegla alias Ivana Švegla, (Studia Diplomatica Slovenica, Personae, 5). 1. izd. Celovec; Ljubljana; Dunaj: Mohorjeva založba, 2018. 
   • Od Majniške deklaracije do habsburške detronizacije : slovenska politika v času zadnjega habsburškega vladarja Karla. Celje; Ljubljana: Celjska Mohorjeva družba: Društvo Mohorjeva družba, 2016. 
   • Prestolonaslednikova smrt : po sledeh slovenskih interpretacij sarajevskega atentata. 1. izd. Ljubljana: Cankarjeva založba, 2014 (razširjeni prevod v hrvaščino: Zagreb, Tragovi prošlosti, 2024; prevod v nemščino: Zagreb, Tragovi prošlosti, 2024).
   • Ivan Šusteršič : der ungekrönte Herzog von Krain : die slowenische katolische Bewegung zwischen trialistischem Reformkonzept und jugoslawischer Staatsidee, (Studien zur Geschichte der österreichisch-ungarischen Monarchie, Bd 32). Wien: Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, 2012. 
   • Izidor Cankar : diplomat dveh Jugoslavij, (Zbirka Studia diplomatica Slovenica, Personae, 2). [Mengeš]: Center za evropsko prihodnost; [Ljubljana]: Znanstvenoraziskovalni center Slovenske akademije znanosti in umetnosti, 2009. 
   • Zavezništva in delitve: razvoj slovensko-hrvaških političnih odnosov u habsburški monarhiji 1848-1918, Ljubljana: Nova revija, 2005 (hrvaški prevod: Zagreb: Golden marketing - Tehnička knjiga, 2008). 
   • Pozabljeni slovenski premier : politična biografija dr. Janka Brejca (1869-1934), (Studia Carinthiaca, knj. 20). Celovec; Ljubljana; Dunaj: Mohorjeva založba, cop. 2002. 

• Hungarica v zbirki Pokrajinskega arhiva Maribor, enotah Zgodovinskega arhiva Ljubljana in Rokopisne zbirke Narodne in univerzitetne knjižnice Slovenije (raziskovalni projekt • 01. marec 2024 - 28. februar 2027)
• Zapuščina Joška Tischlerja (ciljni raziskovalni projekt • 01. oktober 2024 - 30. september 2025)
• Meščanstvo kot umetnostni naročnik na Kranjskem in Štajerskem v 19. in prvi polovici 20. stoletja (01. oktober 2021 - 30. september 2024)
• Postimperialne tranzicije in transformacije iz lokalne perspektive: slovenska mejna območja med dvojno monarhijo in nacionalnimi državami (1918-1923) (01. julij 2019 - 30. junij 2022)
• Begunci - nikoli dokončana zgodba (temeljni raziskovalni projekt • 01. maj 2017 - 30. april 2020)
• Družbena in identitetna mobilnost v slovenskem prostoru med poznim srednjim vekom in razpadom Habsburške monarhije (temeljni raziskovalni projekt • 01. januar 2016 - 31. december 2018)
• Bled: zibelka diplomacije (tržni projekt • 01. september 2017 - 31. december 2018)
• Prva svetovna vojna: zgodovinski spomin in opomin (raziskovalni projekt • 01. januar 2013 - 31. december 2014)
• Slovenci in oblikovanje meja sodobne Evrope (ciljni raziskovalni projekt • 01. oktober 2010 - 31. oktober 2011)

• Univerza v Mariboru, Filozofska fakulteta: predavanja o svetovni, balkanski in slovenski zgodovini
• Diplomatska akademija Ministrstva za zunanje in evropske zadeve: predavanja o svetovni in slovenski zgodovini

• 2002 - Zlati znak ZRC
• 2017 - Zlati rotovški možic Mesta Dunaj
• 2020 - Veliki zlati častni znak na traku za zasluge za Republiko Avstrijo
• 2022 - Nagrada Klio Zveze zgodovinskih društev Slovenije za leti 2020 in 2021 za monografijo »Po razpadu skupne države : slovensko-avstrijska razhajanja od mariborskega prevrata do koroškega plebiscita. Celje : Celjska Mohorjeva družba : Društvo Mohorjeva družba ; Celovec : Mohorjeva družba ; Gorica : Goriška Mohorjeva družba, 2020.
• 2025 nagrada Jaroslav Šidak za prispevek tujega zgodovinarja k hrvaški historiografiji
• 2025 Zoisova nagrada za vrhunske dosežke na področju preučevanja slovenske politične zgodovine

• predsednik Koordinacijskega odbora za raziskovanje diplomatske zgodovine
• član senata Filozofske fakultete Univerze v Mariboru
• član habilitacijske komisije Filozofske fakultete Univerze v Mariboru
• član uredniškega odbora Časopisa za suvremenu povijest
• član uredništva Pilar : časopis za društvene i humanističke studije
• odgovorni urednik knjižne zbirke Studia diplomatica Slovenica
• član uredništva International Journal of Diplomacy and Economy
• član uredništva Studia Historica Slovenica