Raziskovalni program zajema osnovne naloge, ki jih je inštitut prevzel v programu SAZU "Naravna in kulturna dediščina". Te naloge so: evidentiranje in objavljanje virov (listin, urbarjev, notarskih knjig, mestnih statutov, korespondenc velikih mož itd.) za slovensko zgodovino od antike dalje; historična topografija slovenskega ozemlja v srednjem veku, ki zadeva zbiranje, identifikacijo in ubikacijo krajevnih imen na ozemlju Slovenije za obdobje (od antike) do 1500; dolgoročno zasnovane, deloma interdisciplinarne raziskave gospodarske, družbene in kulturne, politične, vsakdanje zgodovine Slovencev, ki imajo za cilj sintetiziranje obstoječega vedenja o globalnih temah, ki so: merstvo, denarstvo, bančništvo, promet, obrt, trgovina itd.; agrarne in neagrarne razmere, zemljiška gospostva, gradovi, plemstvo, kmečki stan, mesta in meščanstvo, cerkev, samostani, duhovščina itd; pismenstvo, izobrazba, vera, zgodovina historiografije ipd.; politični odnosi in razmere, etnična in druga (samo)opredeljevanja; način življenja, prosti čas itd.