Projekt Slovenska vojska. Kratka zgodovina – dolga tradicija? Trajanje projekta: 1. avgust 2004–31. avgust 2006 Vodja projekta: dr. Petra Svoljšak
Projekt Študije za sintezo zgodovine slovenskih mest v dobi fevdalizma (do 1848) Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Šifra: J6-6122 (B)
Projekt Življenje in delo pomembnih osebnosti severovzhodne Slovenije Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Vodja projekta: dr. Andrej Vovko Šifra: L6-6110 (B)
Projekt Preoblikovanje spomina - Propaganda in komemoracija kot sestavni del 1. svetovne vojne Trajanje projekta: 1. julij 2004–30. junij 2007 Šifra: J6-6094 (B)
Projekt Kulturna demografija prve svetovne vojne Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Šifra: J6-2079 (B)
Projekt Elenchus fontium historiae Slovenicae urbanae. – Objava izbora virov za slovensko urbano zgodovino Trajanje projekta: 1. februar 2008–30. januar 2011 Šifra: L6-0198 (B)
Projekt Gospodarsko-socialni položaj prebivalstva na Slovenskem na prehodu iz fevdalizma v kapitalizem Trajanje projekta: 1. februar 2008–30. januar 2011 Šifra: J6-0093 (B)
Projekt Arhivski viri za urabnistično in arhitekturno zgodovino na Slovenskem (16.–19. stoletje) Trajanje projekta: 1. februar 2008–30. januar 2011 Vodja projekta: dr. Metoda Kemperl Šifra: J6-0622 (B)
Projekt Neznani rokopisi slovenskega slovstva 17. in 18. stoletja: informacijsko-tehnološko podprta evidenca, znanstvene objave in analize Trajanje projekta: 1. februar 2008–30. januar 2011 Šifra: L6-0163 (B)