Ukvarja se s primerjalno zgodovino mestnih in trških naselij v slovenskem prostoru, z družbeno mobilnostjo in oblikovanjem kolektivnih identitet v zgodnjem novem veku ter z nekaterimi vprašanji iz kulturne zgodovine, med drugim z raziskavami in objavami starejših slovenskih uradovalnih dokumentov in s starejšimi slovenskimi književniki. Posebno mesto v njegovih raziskavah zavzema polihistor Janez Vajkard Valvasor. Njegovo primarno delovno okolje so arhivi v Sloveniji in treh sosednjih državah. V svoji bibliografiji ima 20 znanstvenih monografij, okoli 70 samostojnih sestavkov v znanstvenih monografijah ter okrog 190 člankov v znanstveni periodiki.

• Ormož v stoletjih mestne avtonomije : posestna, demografska, gospodarska, socialna, etnična in jezikovna podoba mesta ob Dravi 1331-1849, Boris Golec, 2005.
• "Bürgerliche Siedlungen" im slowenischen Raum unter besonderer Berücksichtigung der ursprünglichen Türkenschutzfestungen "Tabori", Boris Golec, 2006.
• Der Wandel im ethnischen Gefüge der Steiermark, Boris Golec, 2006.
• Mestna prisežna besedila v slovenskem jeziku do začetka 19. stoletja, Boris Golec, 2009.
• Late medieval ethnic structures in the inland towns of present-day Slovenia, Boris Golec, 2009.
• Neue Erkenntnisse über die Herkunft und Identität von Primus Truber (Primož Trubar), Boris Golec, 2011.
• Slovenska prisežna besedila trških skupnosti in neagrarnih poklicnih skupin do konca predmarčne dobe, Boris Golec, 2011.
• Nedokončana kroatizacija delov vzhodne Slovenije med 16. in 19. stoletjem : po sledeh hrvaškega lingvonima in etnonima v Beli krajini, Kostelu, Prekmurju in Prlekiji , Boris Golec, 2012.
• Valvasorjeva hiša v Krškem - napačna in prava, Boris Golec, 2013.
• Primož Trubar : prispevki k življenjepisu, Boris Golec, 2014.
• Valvasorji : med vzponom, Slavo in zatonom, Boris Golec, 2015.
• Zemljiški gospod Janez Vajkard Valvasor in njegov urbar, Boris Golec, 2015.
• Valvasor : njegove korenine in potomstvo do danes, Boris Golec, 2016.
• Slovenske oporoke in prisežna besedila o oporokah (1671-1850), Boris Golec, 2017.
• Temporary Croatization of parts of eastern Slovenia between the sixteenth and nineteenth century : changing identities at the meeting point of related peoples, Boris Golec, 2017.
• Vzpon in zaton Dienerspergov : štajersko potomstvo Janeza Vajkarda Valvasorja v luči svojih genealoško-biografskih in spominskih zapisov (1278-1908) , Boris Golec, 2017.
• Die Auswirkungen der theresianischen Reformen im slowenischen Raum : Veränderte Identifikationen und Identitäten, Boris Golec,
• Zadnji Valvasorjevi potomci na Slovenskem : med domoznanstvom, nostalgijo, politiko, umetnostjo in evtanazijo, Boris Golec, 2018.
• Uradovalna slovenika od začetkov do prelomne srede 19. stoletja, Boris Golec, 2020.
• Die Muslime im slowenischen Raum bis zum Zusammenbruch der Habsburgermonarchie unter besonderer Berücksichtigung ihrer Bekehrung zum Christentum in der Frühen Neuzeit, Boris Golec, 2020.
• Slovenska posebnost - dvorec Podšentjur v Podkumu : od nenavadnega nastanka do desetih rodov rodbine Čop, Boris Golec, 2020.
• Najstarejša oklicna knjiga v slovenščini, Boris Golec, 2022.
• Družinsko in gensko ozadje Antona martina Slomška, Boris Golec, 2023.
• Adam Bohorič. Jurij Dalmatin in mesto Krško v 16. stoletju, Boris Golec, 2024.

• Študije za sintezo zgodovine slovenskih mest v dobi fevdalizma (do 1848) (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2004 - 30. junij 2007)
• Elenchus fontium historiae Slovenicae urbanae. – Objava izbora virov za slovensko urbano zgodovino (temeljni raziskovalni projekt • 01. februar 2008 - 30. januar 2011)
• Arhivski viri za urabnistično in arhitekturno zgodovino na Slovenskem (16.–19. stoletje) (temeljni raziskovalni projekt • 01. februar 2008 - 30. januar 2011)
• Vodilni humanisti slovenskega prostora med 16. in sredo 19. stoletja ter njihovo socialno in kulturno okolje (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2011 - 30. junij 2014)
• Uporniške preživetvene strategije na Slovenskem (16.–19. stoletje) (aplikativni raziskovalni projekt • 01. julij 2011 - 30. junij 2014)
• Slovenski toponimi v času in prostoru (Historična topografija Slovenije od srednjega veka do 19. stoletja) (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2011 - 30. junij 2014)
• Demografska, etnična in migracijska dinamika v Sloveniji in njen vpliv na Slovensko vojsko (ciljni raziskovalni program • 01. avgust 2007 - 30. november 2009)
• Človek, narava in okolje med severnim Jadranom in vzhodnimi Alpami v predmodernih obdobjih (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2011 - 30. junij 2014)
• Družbena in identitetna mobilnost v slovenskem prostoru med poznim srednjim vekom in razpadom Habsburške monarhije (temeljni raziskovalni projekt • 01. januar 2016 - 31. december 2018)
• Prepovedane knjige na Slovenskem v zgodnjem novem veku (aplikativni raziskovalni projekt • 01. januar 2016 - 31. december 2018)
• Ambicije, karierizem, pohlep, prevare: socialno-materialne strategije, prakse in komunikacija družbenih elit na Slovenskem v zgodnjem novem veku (temeljni raziskovalni projekt • 01. september 2020 - 31. avgust 2023)
• Temeljne raziskave slovenske kulturne preteklosti (raziskovalni program • 01. januar 2015 - 31. december 2021)
• Umetnina kot odsev znanja in povezovanja. Pomen izobrazbe in družbene vpetosti umetnikov in naročnikov v poznem srednjem in zgodnjem novem veku (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2018 - 30. junij 2022)
• Latinske in nemške kronike na Slovenskem (temeljni raziskovalni projekt • 01. september 2020 - 31. oktober 2024)

• 2001 - Zlati znak ZRC SAZU
• 2013 - izjemni znanstveni dosežek 2012 s področja humanistike: knjiga Nedokončana kroatizacija delov vzhodne Slovenije med 16. in 19. stoletjem: po sledeh hrvaškega lingvonima in etnonima v Beli krajini, Kostelu, Prekmurju in Prlekiji (Založba ZRC, Ljubljana, 2012).

• Od 2007 do 2013 predsednik, od 2013 do 2019 podpredsednik Slovenskega društva za preučevanje 18. stoletja